미리내샵 html/mireeneshop/ 폴더에 설치된걸로 기준을 잡고 설명을 하도록 하겠습니다.
기본적으로 summer와 pro_2004 스킨이 두가지가 있습니다.
해당 폴더안에 order_trade_end_ok.php 파일을 텍스트에디터 프로그램으로 열어주시길 바랍니다.
해당 파일에서 제일 상단에 다음과 같은 구문이 나옵니다.

 include($ROOT_DIR.'/lib/mail_class.php');
 $_GET=&$HTTP_GET_VARS;
 $_POST=&$HTTP_POST_VARS;

아래 소스를 복사해서 위 구문 아래쪽에 붙여넣어주시길 바랍니다.

////////////////////////////// 포인트 중복결제 방지 시작
    $trade2_data_stat = $db->object("cs_trade_tmp", "where item=1 and code is not null and code='$_POST[TRADE_CODE]'");
    $trade2_data   = $tools->decode( $trade2_data_stat->data );
    $trade3_data_stat = $db->object("cs_trade_tmp", "where item=2 and code is not null and code='$_POST[TRADE_CODE]'");
    $trade3_data   = $tools->decode( $trade3_data_stat->data );
    if($trade3_data[trade_use_point] !=0 && $trade2_data[order_userid]) {
        $member_point = $db->sum("cs_point", "where userid='$trade2_data[order_userid]'", "point");
        if($trade3_data[trade_use_point] > $member_point) {
           $tools->alertJavaGo('사용하시려는 포인트가 적립된 포인트보다 많습니다.\n처음부터 다시 주문해주세요.', 'index.php');
        }
    }
////////////////////////////// 포인트 중복결제 방지 끝

그 후 저장한 다음 덮어씌우시면 포인트 중복결제 오류 패치가 완료됩니다.
혹시 결제모듈을 연동해서 사용하시는 사용자라면 파일 이름이 조금 다를 수 있습니다.
예를들어 뱅크웰 결제모듈을 사용하시는 경우 파일이름이 다음과 같습니다.

          order_trade_bankwell_end_ok.php

위 이름에서 굵은글씨로 되어있는 부분을 제외하고는 나머지는 동일하니 해당 파일을 찾아서 수정하시면 됩니다.
위 예는 미리내를 통해 결제모듈 연동작업을 의뢰하셨을 경우에만 해당됩니다.
직접 연동하셨거나 다른업체를 통해 연동하셨을 경우에는 해당 파일을 직접 찾거나 해당 업체에 문의하셔서 찾아보셔야 합니다.

혹시 패치하시다가 궁금한 사항이 있다면 질문답변게시판에 글을 남겨주시길 바랍니다.